Carotenoid-pigmentet er ophav til mange af fuglenes røde, orange og gule farver. Dette pigment interesserer forskerne mest, bl.a. fordi det også findes hos andre dyr og i planter, hvor stofferne spiller en vigtig rolle i fotosyntesen. Hos dyr er de en del af immunforsvaret, ud over at de fungerer som farvestof i pelsen.
Fuglene kan ikke selv producere carotenoider, så de må have dem tilført gennem føde som alger, svampe, plantedele og smådyr. Flamingoer får fx deres lyserøde farve fra carotenoidholdige organismer i kosten.
Da carotenoid samtidig indgår i fugles immunforsvar, mener mange forskere, at fugle, der har overskud til at bruge carotenoid til at blive særligt farvestrålende, signalerer, at de er sunde og gode til at finde den rigtige føde. Således kan farvernes glød have betydning, når hunnerne skal vælge mellem hannerne under kurmageriet.
Nogle farver er imidlertid ikke baseret på pigmenter. I stedet udnytter de lysets spredning i strukturer på nanometerniveau i fjerenes overflade. De farver, der opstår på den måde, kaldes strukturelle farver. Hvide fjer er pigmentløse og får deres “farve”, ved at lyset skinner i fjerenes overflade og de hulrum, der er mellem dem. Det metalliske skin i fjerene hos stære er således en strukturel farve, der opstår i lysets samspil med keratin, melanin og lufthulrum ved fjerene.
Det ses ofte, at strukturelle farver spiller sammen med pigmenter i fuglefjer; fx skyldes mange grønne fjer et samspil mellem en strukturel blå komponent og et gult pigment.
Endelig er der såkaldte kosmetiske farver, dvs. at fuglen selv skal gøre en indsats for at pynte sig – fx ved at tage mudderbad eller anden kropspleje.