Pigmentet melanin er den vigtigste faktor, der afgør vores øjenfarve. Jo mere melanin, jo mørkere bliver farven.
Små mængder melanin i øjets iris, også kaldet regnbuehinden, får øjnene til at se blå ud.
Farven findes ikke inde i øjnene. Vi opfatter blå på grund af den måde, lyset bliver spredt og reflekteret ud i luften på.
Fænomenet er beslægtet med den måde, hvorpå solens lys bliver spredt af molekyler i atmosfæren, så himlen får sin blå farve.