El Niño, som betyder drengebarnet, hænger sammen med et andet vejrfænomen kaldet pigebarnet, La Niña. De er to ekstremer af en naturlig vejrcyklus i det tropiske Stillehav. I et El Niño-år bliver havet cirka to til tre grader varmere end normalt ud for Sydamerikas vestkyst, mens det i et La Niña-år er køligere.
Normalt blæser et vindsystem, kaldt passatvindene, konstant det varme overfladevand fra øst mod vest langs ækvator. Navnet på passatvindene stammer sandsynligvis fra det nederlandske “pasaat”, som betyder gennemgang. Skibe nyder godt af vindsystemet, som forkorter rejsetiden øst mod vest.
Passatvindene får koldt bundvand til at stige op ved Sydamerikas vestkyst, mens det varme overfladevand giver regn i Indonesien. Regnen får luftmasser til at stige op i atmosfæren, hvilket holder passatvindene i gang.
Men gennemsnitligt hvert fjerde år aftager passatvindene, og uden vindenes pres siver det varme overfladevand stille og roligt tilbage til Sydamerika, hvilket fører til et såkaldt El Niño-år.